天下大势都是分久必合，合久必分，何况一个武林门派。这世上没有长盛不衰的朝代，自然也没有永不衰落的武林门派。

既然这是个武侠方面的问题，咱们就在金庸武侠范围内讨论，不涉及现实，毕竟现实中到现在为止也存在全真教的。

全真教首次出现是在《射雕英雄传》中，是由“中神通”王重阳创建的势力雄厚，号称天下第一的门派。全重阳在世时，全真教达到了发展的巅峰，王重阳武功天下第一，门下的全真七子也是个个武艺高强，重阳宫几乎成了武林圣地。

重阳真人过世后，全真教开始由盛转衰。在我看来衰落的原因无非以下几点。

一、重阳真人死后全真教没有高手坐镇。王重阳出于名誉方面的考虑严令门下弟子不得修炼《九阴真经》，这让全真教失去了保持兴盛的机会。先天功王重阳出于种种因素考虑也未传下来，周伯通虽然武功高强，却因为性格的原因指望不上，全真教再也没有了武功高强的绝顶高手来坐镇。而没有顶尖高手的门派就没有了安全保障，全真七子在世时天罡北斗阵能困住五绝之一的黄药师，而到了三代弟子时，连霍都都无法困住，门人弟子的武功和素质下降严重。

二、门派领导人的原因。自马钰之后，全真教历代的掌门威望和才能一代不如一代，尤其是三代掌门甄志丙因为私人行为问题被心胸狭窄的赵志敬抓住了把柄，为了争夺掌门之位，赵志敬不惜勾结蒙古人，陷害同门，导致全真教实力大减，声望也受到打击。再加上正处于宋元之交的乱世，全真弟子也参与了郭靖组织的襄阳保卫战，优秀门人弟子牺牲的多，实力逐渐凋零。

三、作者金庸先生的有意设计。毕竟《倚天屠龙记》是以元末为背景的，武侠小说虽然脱离了现实，但也要尊重现实，现实中的全真教在元末时是站在统治一边的，而倚天屠龙记的特殊背景让金庸先生在写作时不好处理，干脆不让其出现。没了全真教，少林也可以正式登台。

事实上金庸的武侠作品中除了丐帮这个比较特殊的门派外，几乎就没有长盛不衰的门派，连少林这种大派都因为火工头陀的原因封山百年，在射雕和神雕时期极少露面。全真教在他的小说中消失也不是稀奇事。