具体的说应该是朱熹的理学思想，不包括其他如陆九渊的理学。朱熹的理学思想经历了被官方斥为伪学到承认的过程，除了统治者的需要外，和朱熹的信徒在朝廷上拥有话语权有关。

宋理宗宝庆三年，也就是1227年，此时朱熹已去世27年，宋理宗下了圣旨，《宋史纪事本末》是这样记载的：

“朕观朱集注《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》，发挥圣贤蕴奥，有补治道。”

从这年开始，朝廷提倡习读朱熹著作。注意是提倡并不是强制。不可否认的是，从此，朱熹的理学逐渐成为中国的正宗思想体系。

其实，在南宋，理学的流派除了朱熹外，还有以陆九渊为代表的心学。朱熹和陆九渊之间因为学术分歧，多次论战，最有名的“鹅湖之会”，朱熹经常被陆九渊驳得哑口无言。

此外，朱熹生前并不受人待见。例如：

绍熙五年，即1194年，65岁的朱熹，向宁宗讲述“君臣父子之道”及“为学之道”时，不时地指责宁宗的心腹韩侘胄。引起宁宗不满，将朱熹撸了，朱熹回到福建。

时间到了第二年，赵汝愚罢相，韩侘胄执政，开始了一系列反理学的活动——

1196年，叶翥指斥朱熹的学说为伪学，建议销毁理学著作。

监察御史沈继祖指控朱朱熹有十大罪状：

1.不孝其亲；

2.不敬其君；

3.不忠于国；

4.辞职名玩侮朝廷；

5.为赵汝愚之死尽哀；

6.信蔡元定之邪说，有害风教；

7.诱尼姑为宠妾；

8.其家寡妇不夫而孕；

9.为地方时多行不义；

10.欺民霸财。

1197年，朱熹的学说正式被列为“伪学”，甚至还有人建议，将朱熹斩首，以除后患。

1198年，宁宗颁布《伪学逆党籍》，有59人被列入了名单。这对朱熹的打击相当大，他的很多学生、朋友都和他断绝了来往。

1200年，朱熹在空前孤立的境地去世。

这种情况持续到朱熹死后的第九年才结束。这时韩侂冑已死，史弥远做了丞相，他开始为理学平反。

此后，理学的地位逐步上升，朱熹的学说也越来越受到重视。

宋理宗时，朱熹被恢复名誉，“特赠熹太师，追封信国公”，并提倡学者习读朱熹著作。

从此，以朱熹为代表的理学逐渐成为中国的正宗思想体系，在南宋，理学主要在南方流传，到了元朝，传到了北方，元代推崇理学，特意在修《宋史》时，为理学家们单独立了传，叫《道学列传》，以朱熹为道学正统，至此程朱理学取得思想上的统治地位，在明清发展到极致。