汉武帝当政末年，发生了著名的“巫蛊之祸”，江充等人诬告太子刘据行巫蛊之事，刘据不能面见武帝自辩而拥兵自卫，最后被武帝派兵镇压，刘据为不被捕受辱而自杀，其生母皇后卫子夫也自杀，太子府中其余人等也被陷害太子的奸臣江充、苏文等人处决了，只有一位太子的孙子因年纪尚幼而关在牢中。

“巫蛊之祸”是汉武帝政治生涯中的一大污点，若不是后来汉宣帝中兴汉朝，汉朝就会亡在武帝安排的辅政大臣霍光手中。

“巫蛊之祸”究其原由是因为皇权的排他性，汉武帝要维护自己君权至上的权威，而身为国家储君的太子刘据不可避免的会分担走君主的权柄，所以二者之间必然会有一定的矛盾，而江充等人就是利用汉武帝与刘据之间有嫌隙的心理，达到挑拨离间的目的。

后来发生的事实证明，江充等人的挑拔是成功的，汉武帝自己也是后知后觉，最后在三年后假借田千秋之口将此事揭过，但是汉武帝愧对的是太子刘据，对于皇后卫子夫他的歉疚之情则要小得多。

以武帝的性格来看，如果他驾崩时刘据年幼而卫子夫还在壮年的话，一样会如同钩戈夫人一般将卫子夫殉葬，他晚年修建“思子宫”等等都是为了寄托自己思念儿子的心思，而对于皇后卫子夫汉武帝一字未提。