使用生物肥料意义重大，微生物肥料是依据生物固氮和有益微生物能够改善土壤肥力状况的原理，利用有机废弃物制成可再生性肥源，其资源可无限循环，反复利用。目前，世界人口不断增长，社会对粮食和肥料的需求日益增加。随着人们对环境保护的日益重视和生态农业的发展，微生物肥料必然会有相应的发展，不仅可以补充肥源的不足，而且可能成为绿色食品用肥进入商品市场。

生物肥料的作用，具体体现在以下几个方面

一，改良土壤环境，改善土壤结构，提高土壤肥力。生物肥料含有大量的有益生物细菌，施入土壤，大量细菌繁殖，有利于分解有机质，减少土壤因长期使用化肥造成的板结。

二，减少农作物发生病虫害的几率，增强农作物的抗病能力。作物施用微生物肥料后，微生物在物根际大量繁殖，形成了优势微生物群，抑制或减少病原微生物的繁殖机会，有的微生物能分泌抗生素杀死有害真菌和细菌。

三，促进农作物的生长，增加农作物的产量，农产品的品质，各种生物肥施入土壤中，都能产生不同的生长激素，刺激作物的生长，真菌类的生物肥不仅在协助作物吸收磷、锌及铜等矿质元素方面有很强的作用，还有增强作物的吸水、保水以提高作物抗旱能力的作用。由于生物肥料能制造和协助作物吸收利用多种营养元素，因此对农产品的品质有很大的改善，可以改变因施化肥产生的“瓜不香，果不甜，茶无味”的现状，使农产品各项指标达到绿色食品的标准。

四，减少对环境的污染，改善生态环境。长期的使用化肥对土壤及环境造成了很大的污染，使用生物肥料可以减少化肥的使用量，从而减少对环境以及水体的污染，从长远的来看，使用生物肥料，减少化肥的用量，是保护环境减少污染的重要措施。