在农业生产过程中，不存在复合肥和有机肥敢不敢和菌肥一起使用的问题，是科学不科学的问题，这三种肥料在混合使用时有以下三个方面的常识需要注意：

1、复合肥和有机肥最好一起混合搭配使用。复合肥可以提供农作物所需要的氮磷钾三大元素，有机肥可以提供有机质和比较齐全的中微量元素，包括钙镁硫硼锌钼铁铜等，并且可以促进复合肥的分解，减少损失，提高复合肥的利用率。

2、菌肥最好和有机肥一起混合搭配使用。有机肥可以为菌肥里面的有益细菌提供营养物质，促进细菌生长和繁殖，菌肥里的有益菌可以把有机肥分解成农作物根系可以吸收利用的成分。前提是：在生产有机肥时没有加入杀菌剂，菌肥是真正含有土壤有益菌的合格产品，问题是这样的菌肥可能不太多。

3、菌肥不能和复合肥一起混合使用。上面已经说了，合格菌肥里含有土壤有益菌，并且是有活性的，复合肥是化肥，含量高浓度大，如果和菌肥一起混合使用，会造成菌肥里的有益细菌死亡，失去菌肥的作用。举个例子：用盐腌制的东西不容易变质，就是因为细菌在高盐分的环境下不能生存和繁殖。化肥就是盐，所以，复合肥不要和合格的菌肥一起混合使用。