中国工程院和中国工程院并称“两院”。中国工程院是我国工程科学技术界的最高荣誉性、咨询性学术机构，它是从中国科学院技术科学部分出。中国科学院是我国科学技术方面的最高学术机构，也是全国自然科学与高新技术综合研究发展中心。两者都是国务院正部级直属事业单位。

中国工程院设立于1994年，是我国科学技术部支持的咨询性学术机构。工程院主要任务是对国家重要工程科学技术问题进行战略性研究，并提供决策咨询，主要致力于促进中国工程科学技术事业的发展。工程院和科学院不同的是，其不下辖实体科研机构。目前中国工程院设有9个学部，包括机械与运载工程学部、信息与电子工程学部、化工、冶金与材料工程学部、能源与矿业工程学部、土木、水利与建筑工程学部、环境与轻纺工程学部、农业学部、医药卫生学部和工程管理学部等。工程院目前拥有857名院士，院长是李晓红院士。

中国科学院则成立于1949年11月。1977年5月，哲学社会科学学部独立为中国社会科学院。中科院下辖6个学部，包括数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部、技术科学部。中科院下设12个分院、84个研究院所、2所大学、2所学院、4个文献情报中心、3个技术支撑机构和2个新闻出版单位。

中科院还拥有4个国家实验室、85个国家重点实验室和153个中国科学院重点实验室。中科院首任院长是郭沫若,目前院长是白春礼。