两者没有什么本质上的区别，都属于文化专制主义，都是统治阶级大力推崇一种文化思想，而压制其他视为异类的思想，只不过压制方式的区别罢了，董仲舒的独尊儒术比秦始皇的焚书坑儒文雅一点，没有那么的血腥。

在先秦时期，那时正处于一个社会大变革时期，各种各样的思想纷至沓来，比较出名的有法家、墨家、儒家、兵家等，当时的社会出现了百家争鸣、百花齐放的现象，他们之间相互辩论，相互影响，取长补短，促进了思想文化的发展。

然而一种思想文化能否长久发展，最终是要有合适的土壤才能生存下去，换句话说就是要有实际的治国意义，因而虽然那时的学派众多，但是经过时间的洗礼，到了战国末年的时候，还有影响力的也就剩下法、道、儒、墨这几个学派了。

秦始皇的天下是在秦国的基础上建立的，早在秦孝公时，他就重用法家著名代表商鞅对秦国进行一系列的改革，比如废井田、奖军功，统一秦国度量等措施，这些改革使秦国进入了快速发展的轨道，国力大增，尝到甜头的秦国统治者，对于法家是顶礼膜拜，到了秦始皇时期，法家治国依然是他的施政纲领，在秦始皇任上，他重用的有法家代表李斯，韩非子等，而焚书坑儒正是李斯的建议下，为了打压一些儒生和游士引用儒家经典，借用古代圣贤的言论批评时政，扰乱刚刚建立的秦朝，下令焚烧《秦记》以外的各国史书，抓获460人并全部活埋。

秦始皇的焚书坑儒就是为了结束混乱的各种学术流派，用法家治国来排除其他不同的政治思想和见解的一次运动。

当时秦朝的以法治国过了头，变成了酷刑治国，人们整天生活在紧张的气氛中，动不动就会抓去坐牢，甚至受皮肉之苦，因而秦朝统治不过二世而亡。

继承他的王朝是汉朝，刘邦吸取了秦朝暴政的教训，在西汉建立之初采取的是道家的无为而治休养生息的治国纲领，这一举措在当时起到了积极的作用，经过西汉初期几任皇帝的无为而治，到了汉武帝时期，西汉国力已经变得国富民强，但是西汉也有一个潜在的威胁，那就是藩国，刘邦建立西汉后，实行了郡国并行制，到了文帝、景帝时期，各个藩国的实力也增长了不少，他们对中央集权是一种威胁，汉景帝时期的七王之乱就是典型，好在中央平叛了地方王爷的反叛。

汉武帝上台以后，对于如何加强中央集权，维护天下一统摆在了他的面前，很明显道家的无为而治是无法解决这一难题，于是汉武帝于公元前134年，让各地推荐贤良之士，寻求治国方略，董仲舒的“天人感应”、“大一统”学说让汉武帝很感兴趣，这是董仲舒把儒家经典进行改良，并吸收了其他学派的理论，创建了一个以儒学为核心的新的思想体系，而且董仲舒认为只有思想上的大一统，才能巩固和维护政治上的大一统，此建议深得汉武帝赞许和采纳，并正式下旨，独尊儒术，罢黜百家，并将儒家思想作为正统思想，这一做法影响了后世长达两千多年。

无论是焚书坑儒还是独尊儒术，都是统治阶级为了维护自身统治而采取的一种手段，只是手段的差异罢了。

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