章太炎一生经历了戊戌维新改良运动和资产阶级民主革命两个历史时期，走过曲折的道路，是中国近代杰出的思想家、教育家、革命家和社会活动家。早年接受西方近代机械唯物主义和生物进化论，在他的著作中阐述了西方哲学、社会学和自然科学等方面的新思想、新内容，主要表现在《訄书》中，认为“精气为物”，“其智虑非气”；宣称“若夫天与上帝，则未尝有矣”，否定天命论说教。其思想又受佛教唯识宗和西方近代主观唯心主义影响。随旧民主主义革命失败，他退居书斋，钻研学问，粹然成为一代儒宗。在学术上，他涉猎甚广，经学、哲学、文学、语言学，文字学、音韵学、逻辑学等方面都有深湛造诣。关于儒学的著作有《儒术新论》、《订孔》等，所著《新方言》、《文始》、《小学答问》，上探语源，下明流变，颇多创获。其宣扬革命的诗文，影响亦很大。一生著述颇丰，约有400余万字，但文字古奥难解。主要著作由后人编入《章氏丛书》、《章氏丛书续编》和《章氏丛书三编》，自1982年起上海人民出版社陆续出版《章太炎全集》，网罗繁富，有中国文化百科全书之称。

章门弟子众多，当时的北京大学，有名的教授，大都出之于章太炎的门下，如：黄侃、朱希祖、钱玄同、周树人（鲁迅）、沈兼士等。章太炎为人戏谑，以太平天囯为例，封黄侃为天王，汪东为东王，朱先生为西王，钱玄同为南王，吴承仕为北王。当年二十七岁的胡适独树一帜，在大师环伺的北京大学，教起《中国哲学史》，其讲义《中国哲学史大纲》颇多沿袭章太炎在《国故论衡》下卷“诸子学”诸篇的观点。胡适实为章太炎中年以前学术衣钵的继承者。但此时章太炎本人的学术已经有所转向，故对胡适的中国哲学史研究不甚满意。