建设小汤山医院二部是北京市抗击‘非典’的重大举措。“非典”是一场突如其来的灾害，由于“非典”的传染性较强，综合性医院无法做到各类病人，特别是“非典”病人与其他病人之间的封闭与隔离。加之市民对“非典”疫情存在一定的恐惧心理，有的综合性医院收治“非典”病人后，影响了其他病人的就诊和治疗。

  为了保证“非典”病人和社会的整体安全，做到“早预防、早发现、早隔离、早治疗”。北京的医疗系统承受了巨大的压力，面对抗击“非典”的严峻形势，采取强有力的措施，特别是建设专门治疗“非典”病人的医院，使“非典”病人有一个更为良好的医疗环境和更为专业的医疗服务，市委市政府决定建设一个高标准的应急医院，专门收治“非典”病人。

  小汤山医院二部位于北京市昌平区小汤山镇东北部，原小汤山疗养院东北方向围墙外，南距市区(北四环)20公里，西距昌平区中心10公里，占地面积122亩，其中建设用地60亩，总建筑面2。5万平方米，可容纳1000张病床，是一所专门收治“非典”病人的临时传染病医院。