其实从专业角度上讲，这两种药物在分类上也是不一样的。头孢菌素类药物的母核结构都是7-氨基头孢烷酸（7-ACA），头孢美唑与其母核结构很相似，但略有差异，所以严格来说，头孢美唑不属于头孢菌素类药物，而属于非典型β-内酰胺类中的头霉素类（头孢西丁、头孢替坦、头孢美唑、头孢米诺等）。但因为它的抗菌谱和抗菌活性和第二代头孢菌素总体差别不大，所以也有很多资料把它归入第二代头孢菌素，一般情况下也可以这样理解。

在适应症上，两者都用于治疗敏感细菌引起的感染，比如肺炎、胆道感染、败血症、泌尿道感染、腹膜炎等，但头孢呋辛还可以透过血脑屏障，进入脑脊液等，所以头孢呋辛还可以用于治疗敏感菌引起的脑膜炎等。对于淋病，不宜用青霉素治疗者或治疗无效者，头孢呋辛也是很好的替代药物。另外，两者在疗效上总体差别不大，但是头孢美唑对细菌产生的大多数β-内酰胺酶（包括ESBLs等）的稳定性比头孢呋辛更好，所以，很多对头孢呋辛耐药的菌株，头孢美唑仍有较强的抗菌作用。同时，头孢美唑对包括脆弱拟杆菌在内的大多数厌氧菌有强大的抗菌作用，比头孢呋辛强得多，所以，头孢美唑还可以用于厌氧菌引起的多种感染。

至于价格上，那是由很多因素决定的，比如需求量、产量、生产成本等。但不要以为贵的就一定好，不同的抗菌药物是各有优劣的，就比如上面的两种药物