主要区别是，性质不同、评分标准不同、服务水平不同，具体如下：

一、性质不同

1、三级医院

三级医院，即三级乙等医院，相当于地区性医院。医院的等级划分是根据医院的规模（大小，人员配备，硬件设施，科研能力）来分的。分一级、二级、三级三个等级。每个等级又有甲、乙、丙三等。现实中三级乙等医院是仅次于三级甲等医院的优质大医院。

2、三甲医院

三级甲等医院（简称三甲医院）是依照中国现行《医院分级管理办法》等的规定划分的医疗机构级别 ，是中国内地对医院实行“三级六等”的划分等级中的最高级别。

二、评分标准不同

1、三级医院

医院等级评定，实行1000分制，750分－900分评为三级乙等。

2、三甲医院

按分等评分标准获得超过900分。

三、服务水平不同

1、三级医院

提供地区仅次于三级甲等的医疗卫生服务。

2、三甲医院

提供地区最高水平的医疗卫生服务。