微生物肥料含有大量有益微生物，可以改善作物营养条件、固定氮素和活化土壤中一些无效态的营养元素，创造良好的土壤微生态环境来促进作物的生长。一般讲的微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称为“菌肥”

微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。

根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮细菌（菌剂）” 以固氮细菌为主的微生物肥料通过细菌的活动，固定空气中的氮元素，供作物生长时吸收利用，即“固氮”作用；

“解磷细菌（菌剂）” 以解磷细菌为主的微生物肥料通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的磷元素，使磷从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用，即“解磷”作用；

“解钾细菌（菌剂）” 以解钾细菌为主的微生物肥料通过细菌的活动，分解土壤中部分不能被作物吸收的钾元素，使钾从土壤中分解出来，供作物生长时吸收利用，即“解钾”作用；

微生物肥料主要提供对作物生长有益的“微生物群落”。这些微生物在土壤中的生活、活动，可产生很多代谢产物或分泌物，这些分泌物对作物的生长有刺激作用，都可以选择性地为农业生产服务。

这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用：

首先是微生物肥料能改善土壤，培肥地力。微生物肥料能增加土层的团粒结构，增强其透气性，提高土壤的含氧量和蓄水量，改善作物根际环境。用微生物肥料作基肥或菌液灌根，可促使板结的土壤变的疏松，从而改良土壤。 

其次微生物肥料能促进作物生长。微生物肥料在促进根系发育、延长叶片功能期、增强光合作用效率等方面有显著作用，并能明显改善作物品质，增加商品性。

第三微生物肥料能促进根系生长，增加养分吸收。微生物肥料能增加各种植物根系的质量达35%以上，有甚至成倍增加。微生物肥料中含有解磷解钾菌，能有效分解土壤中植物不能直接利用的氮、磷、钾元素供作物吸收，不断供给作物生长所需的养分。

第四是微生物肥料能提高作物的抗逆性。主要表现在抗旱、抗寒、耐热性上。首先是其根系发达,增加吸水肥的面积,同等条件下可耐千旱一周以上；再就是是抗寒，在果树发芽一个月前涂杆可提早35天发芽,鉴于含有抗逆因子,在扬花期可抗轻度的寒流逆袭；三是耐热在高气温过程中能保证植物正常生长,最后是对于盐碱地种植作物可以显著提高作物的抗盐碱能力。

第五是微生物肥料能提高产品品质。各种有机肥、化肥配合使用微生物肥料后，可以提高各种有机肥、化肥的利用率和转化率,降低因超量施用化肥带来的硝酸盐超标问题,改善产品的口感,增加糖度。

第六是微生物肥料促早熟。徼生物菌肥可使葡萄提早10-15天以上成熟,可使春天大田茄子提早10天左右上市,可使番茄的自然成熟期与对照组抹催红剂的成熟期相同或提前。

第七是抗病防虫。灌根后有益徼生物的迅速繁殖抑制了有害菌的发展,促进作物生长,提高作物的抗病能力;破坏了地下虫卵的生存条件,致使无法成虫同时对因连作(重茬)引起的生理病害有预防和调节作用。

第八,微生物肥料作用增产、增收效果显著:大田粮食作物可増产10%以上,在瓜果蔬菜上试验增产效果达30%以上,葡萄、西瓜、茄子、黄瓜、豆角等增产效果更高。施用徼生物肥料的棉花在株高、茎粗及棉株长势上均占优势其有效数、铃数及霜前铃吐絮数显著增多,一般可增产10%以上再者,微生物肥料更是生态园,有机生产原地的首选肥料。

总的来讲，微生物菌肥的作用就是细菌的固定、分解、分泌作用，影响到土壤中的营养养分的变化。土壤中营养养分变化了，生长在土壤中的作物的生长情况当然也要变化。所以，微生物的作用是“作用”于土壤中、“反应”在作物上。如果土壤养分太低，微生物肥料（菌剂）也无回天之力，还得加施有机肥或化肥。