题主标题里的“水军”是指在水上作战的军队还是网络水军，标题里的“历史”是指世界历史还是中国历史，命题不清楚，让人很难回答。我想题主应该是想问中国历史上最强大的水军是哪只军队吧。

中国历史上最强大的水军，毋庸置疑是大明水师了。大明水师从建立之初到大明灭亡，三百余年来未尝一败，是当时世界上最强大的水军，也是中国历史上最强大的水军。

大明水师的起源是元末朱元璋所部的两大主力之一巢湖水师。在明成祖鼎盛时期的1420年，明王朝拥有3800艘船，其中1350艘巡船，1350艘战船，以及驻扎在南京新江口基地的400艘大船和400艘运粮漕船，其中250艘是远洋宝船，此外还拥有大量护洋巡江的警戒执法船和传令船，威名远扬的郑和船队实际上只是强大的明帝国海军的一支海上机动舰队而已。其总规模相当于10个西班牙无敌舰队。

从元末朱元璋渡江战役和鄱阳湖水战开始，到郑成功收复台湾，明朝立国近三百年，明朝水师却未曾遭遇一败，可惜中国古代军事向来重陆战轻水战，因此明朝水师的光辉也就因此而淹没了。事实上明朝水师确实是中国古代史乃至世界古代史上最强大的舰队，郑和下西洋的辉煌人所共知如《郑和碑记》记载：“及临外邦，番王之不恭者，生擒之；蛮寇之侵掠者，剿灭之。”，故大扬华夏国威。明朝中后期海防空虚，但经过戚继光整顿，明朝水师重新焕发了战力。16世纪初葡萄牙殖民者东来，本想将澳门纳为殖民地，但明朝水师在珠江口海战中将其重创，使其打消念头转与中国通好。16世纪末日本发动侵朝战争，明朝水师在露梁海战里大败日本舰队。即使到了腐败透顶的明朝末期，明朝水师依然在澎湖之战与料罗湾海战中将荷兰舰队击败，17世纪中叶更是一举攻占荷兰控制下的台湾。