蒙古大军势如破竹，几乎征服了大半个地球，但攻打南宋却用了几十年的时间。1279年崖山海战之后，南宋宣告灭亡。但南方各地抗元义军并未完全消失。其中福建的抗元队伍此起彼伏，确实给元朝初期造成了不少麻烦。需要说明的是，南宋时期的泉州是个特区，并不是指今天的泉州市所辖的地方，自从北宋太平兴国三年，泉、漳二洲归宋之后，莆田、仙游都在泉州辖区之内。

蒙古大军南下，曾经在襄阳、重庆等地受阻，其中钓鱼城之战，南宋军民以区区弹丸之地，利用有利地形防御了蒙古大军36年，还造成蒙古大汗蒙哥战死，导致蒙古各路远征部队返回草原争夺汗位，大大延缓了蒙古骑兵征服世界的进程。但钓鱼城在南宋灭亡之后，得到元朝政府承诺不杀城中一人的条件后，宋军开城投降，守城将士32人拔剑自刎，留下千古忠魂。钓鱼城也被成为上帝折鞭处、东方麦加城。不过，钓鱼城并不是最后一个顽强抵抗蒙元的队伍。

1276年，元军攻破临安。南宋朝廷南下逃亡。1277年，元兵自浙东攻入福建，很快福州沦陷。南宋军民带着小皇帝南逃至泉州，当时想以泉州为都，重整宋军，继续抵抗。但他们到了泉州才发现，泉州已经变天了。有个地方亦官亦商的汉奸，名叫蒲寿庚，这个人是商人出身，利用自己的武装控制沿海的海上贸易。同时也是“福建安抚沿海都置制使”的身份。他知道南宋大势已去，通敌叛国，闭门不出，又杀尽了泉州的宋朝皇家宗室。南宋朝廷只得继续难逃。不过，蒲寿庚这一族人百年之后也没有什么好结果，被朱元璋收拾殆尽，男人充军，女人为娼。这些是后话。

福建虽然不大，但却在自1276年临安沦陷之后，到元朝末年，反元的斗争从来没有停过。虽然经历了蒲寿庚叛变，但危难时刻见忠臣，莆田的陈文龙，斩杀元军派来的劝降使者，在城头竖起“生为宋臣，死为宋鬼”的大旗，但终因寡不敌众，力尽被擒。最后在临安岳王庙绝食而死。陈文龙的叔叔陈瓒集结义军继续抗元，曾收复兴化（莆田），并以兴化为基地，一度收复泉州、福州，坚守到1278年初，兵败殉国。

与此同时，以陈吊眼为首的畲、汉起义军，打着大宋的旗号，攻打泉州，与叛贼蒲寿庚兵戎相见。崖山之战后，南宋朝廷不复存在，但起义军依然以光复大宋为号召，继续坚持抗元。当年，陈吊眼曾攻破漳州，杀元招讨使傅全、万户府阙文兴。前后坚持了6年的抗元斗争。1282年，陈吊眼战败被俘，被害于漳州。

另外，曾经投降元朝的黄华在围剿陈吊眼的争斗中立过大功，但在1283年，黄华集结起义军以光复大宋为旗号，在泉州地区兴起。并以政和为基地，攻下蒲城、崇安等地。这个时候南宋朝廷已经灭亡了四年了，但黄华的起义军迅速扩大的十万之众。元朝福建提刑按察使王恽惊呼：“福建一道收附之后，户几百万。黄华一变，十去其四”。可见黄华的起义军在当时影响之大。元朝朝廷调派四省军队进入福建，才在1289年彻底镇压了黄华兄弟的起义军队。

在南宋灭亡之后的一段时间了，泉州及周边地区呈现出“三年一小反，五年一大反”的状况，相比北方地区，福建从来就没有太平过。而多数队伍都打着光复宋室的旗号，进行反元斗争。抵御蒙古大军的队伍全国有很多，但抵抗到最后才被打败的，确实是福建泉州及周边地区的义军。