在解释孰优孰劣之前，有必要梳理事业单位的编制类型。

目前，全国自上而下正在进行事业单位分类改革。其中改革的重点是生产经营类事业单位，也就是我们所说的自收自支性质事业机构，按照改革要求，这类单位将全部转企，其在职在编人员将剥离事业编制转为企业人员。随着这次改革的完成，大量自收自支性质事业编的核销，意味着自收自支事业编制将全部退出历史舞台（少部分在公益二类的自收自支编制随退随销），未来将只存在全额拨款和差额拨款两种供养性质的事业编制。

基于这个事实，讨论自收自支事业编制已然没有必要，下面我们着重从保障性和工资待遇两个方面来比较全额拨款和差额拨款两种事业编制的优劣。

就整体保障性而言，全额拨款事业编显然要好于差额拨款事业编。全额拨款事业编顾名思义就是工资待遇由财政全额负担，只要国家不倒，国库不空，全额拨款事业编的工资和福利待遇都会有保障，而且可以随着政策稳定地调资，逐步晋升待遇。而差额拨款事业编只是由国家承担部分工资待遇（一般是定额），不足部分由单位自筹或从自营收入中留成补足。在单位效益有保障的前提下，差额拨款事业编不比全额拨款事业编待遇差，一旦效益出现波动引发滑坡，差额拨款的工资待遇毫无意外将直线下滑，这是差额拨款事业编相比全额拨款事业编最不稳定也是最令人担心的一个地方。也正是因为这个潜在的风险（其实这种风险几乎没有），一旦有选择，绝大部分人都会毫不犹豫地选全额拨款事业编而不会选差额拨款。这也是全额拨款事业编的优势所在。

全额事业的优势是稳定有保障，然而稳定是优势也是缺陷。换言之，全额拨款事业编在职务或职称没有出现大的变化的前提下，仅仅依靠工龄和政策性调资，工资待遇几乎不会有太大的上涨空间。旱涝保收的同时，意味着死水一潭。相对而言，不少差额拨款事业单位在这方面要灵活得多。比如医院、高校以及一些具有创收能力的科研院所，其人员虽然是差额拨款事业编，但因为单位效益后，可以核发绩效工资、奖金等，其收入不仅超过全额拨款事业编，甚至远高于公务员。

由此可见，差额拨款事业编也不是一无是处。到底是全额拨款事业编好，还是差额拨款事业好，关键还是要看单位，具体问题要具体分析。