区别是：

1、水解蛋白奶粉属于配方奶粉的一种

水解蛋白奶粉虽然是一种带有疗效性的奶粉，但却也属于配方奶粉。只是有别于一般的配方奶粉，水解蛋白奶粉适合的人群是一些身体较为特殊的婴幼儿。

2、蛋白结构不同

一般的配方奶粉和水解蛋白奶粉，最主要的区别就是蛋白成分存在的方式不同。一般配方奶粉中蛋白的结构就是完整的，没有切割；而水解蛋白奶粉，从字面上也能理解到，它是经过水解工艺加工的蛋白，把完整的大分子蛋白进行切割，变成小分子的蛋白甚至游离的氨基酸。

3、适合的人群不同

一般的配方奶粉适合没有家族过敏史、身体各项指标正常的宝宝。水解蛋白奶粉适合对牛奶蛋白过敏或者乳糖不耐受的宝宝食用。水解程度不同，水解蛋白奶粉的适应人群也有所不同。

4、口感不同

一般配方奶粉比水解蛋白奶粉口感要好些。有些蛋白质经过水解会产生一些苦味物质，影响配方的自然口感，特别是深度水解酪蛋白配方。部分水解蛋白配方粉比深度水解奶粉的味道可口一些。